کنجد ۲ بیماری داره 
اول فیلودی که حتما بین ۲ تا۸ برگی باید یک مکنده کش مثل استامی پراید برای کننترلش بزنید
دوم بیماری بوته میری هستش که بهترین راه کنترلش کشت برروی پشته وآبیاری سبک واستفاده از قارچکشهایی مثل پرویکور با آبیاری بادز ۳لیتر درهکتار و یا اگریفوس بادز ۱لیتر در هکتار بعنوان قارچکش-کود جهت القای مقاوت
در خصوص آفات مهمترین آفت کپسول خوار کنجد هستش و نیاز به استفاده از حشره کش نداره چون زنبور پارازیتوئید براکون تا ۹۵ درصد کنترلش میکنه
بعد علفهای هرز هستش 
که در ابتدای کشت میتونید پرول با دز ۳لیتر درهکتار بزنید برای کنترل پهن برگها و باریک برگها 
ودر صورت وجود باریک برگها به تنهایی میتونید از گالانت سوپر بادز ۱لیتر، فوکوس۲لیتر، نابواس ۳لیتر و سلکت سوپر ۱لیتر در هکتار